Минфин России в письме от 18.04.13 № 03-04-06/13294 напомнил, что при выплате зарплаты два раза в месяц (аванса и основной части зарплаты) налоговый агент удерживает и перечисляет НДФЛ один раз - при окончательном расчете дохода за месяц.
Согласно ст. 136 Трудового кодекса Российской Федерации заработная плата выплачивается не реже чем каждые полмесяца в день, установленный правилами внутреннего трудового распорядка, коллективным договором, трудовым договором.
Пунктом 2 ст. 223 Налогового Кодекса установлено, что при получении дохода в виде оплаты труда датой фактического получения налогоплательщиком такого дохода признается последний день месяца, за который ему был начислен доход за выполненные трудовые обязанности в соответствии с трудовым договором (контрактом).
Налоговые агенты, согласно п. 4 ст. 226 НК, обязаны удержать начисленную сумму налога непосредственно из доходов налогоплательщика при их фактической выплате. В соответствии с п. 6 ст. 226 НК налоговые агенты обязаны перечислять суммы исчисленного и удержанного налога не позднее дня фактического получения в банке наличных денежных средств на выплату дохода, а также дня перечисления дохода со счетов налоговых агентов в банке на счета налогоплательщика либо по его поручению на счета третьих лиц в банках.
Следовательно, налоговый агент производит исчисление, удержание и перечисление в бюджет налога на доходы физических лиц с заработной платы один раз в месяц при окончательном расчете дохода сотрудника по итогам каждого месяца, за который ему был начислен доход, в сроки, установленные п. 6 ст. 226 НК.
С такой же позицией выступает и арбитражный суд. Так, в постановлении от 07.02.12 № 11709/11 Президиум ВАС РФ отметил, что до истечения месяца нельзя определить доход в виде оплаты труда за месяц и исчислить НДФЛ при выплате заработка за первую половину месяца.